Năm 1902, Eleanor tình cờ gặp người chú họ của mình, Franklin Delano Roosevelt, sinh viên Đại học Harvard, để bắt đầu đến với nhau trước khi đính hôn vào tháng 11 năm 1903. Sara Delano Roosevelt, mẹ của FDR, kịch liệt chống đối cuộc hôn nhân và thành công trong nỗ lực dời hôn lễ lại đến 16 tháng.Vào ngày lễ Thánh Patrick (17 tháng 3) năm 1905, Eleanor kết hôn với Franklin D. Roosevelt; Tổng thống Theodore Roosevelt thay mặt cha của cô dâu dẫn cô đến với người chồng tương lai. Ngay sau đám cưới, bà mẹ chồng lập tức tìm cách kiểm soát cuộc sống của đôi vợ chồng trẻ. Bà chọn nhà cho họ, cách nhà bà ba khu phố, trang trí và mua sắm nội thất cũng như thuê mướn người phục vụ trong nhà theo ý bà.

Franklin và Eleanor có sáu người con, Anna Eleanor Jr., James, Franklin Delano Jr. (1909-1909), Elliot, Franklin Delano Jr. và John Aspinwall.

Bất hoà

Ngoại trừ thời gian hạnh phúc ban đầu, cuộc hôn nhân bị tổn thương sâu sắc bởi mối tình nảy nở giữa Franklin và thư ký xã hội của Eleanor, Lucy Mercer (sau này là bà Lucy Mercer Rutherfurd) trong khi Eleanor vẫn phải tiếp tục mối quan hệ đầy sóng gió với bà mẹ chồng độc đoán, Sara Delano Roosevelt. Với chiều cao 5’10’’ (177,8 cm), bà mẹ chồng chỉ chịu thua nàng dâu 2 inch (5,08 cm) về chiều cao.